その物語を通じて何を読者に感じさせたいかというメッセージを決め
起承転結、プロットを固め
世界観や設定を練り
矛盾や破綻が無いか確認

大体こんな流れだと思うんだけど、メッセージ持たせるとかやりたい事まで決まってるならそんな悩む?