クッパを倒し、ブルックリンを救ったマリオブラザーズ達。
平穏な日々を送っていたが、またもや事件が発生する。
それは、住人達が悪夢を見出したのである。

一方、ぐっすりお休み中のマリオブラザーズ。
彼らもまた、同じ夢を見ていた。
それは、夢の国「サブコン」が謎の魔物によって制圧されていく場面であった。
「サブコン」の妖精が語る。夢の国は「マムー」という怪物によって崩壊への道を辿っています…どうか私達を助けてください、と。

夢の内容が忘れられないマリオブラザーズは、途中で出会ったピーチとキノピオ、ドンキーコングと共に、無意識のうちにあの「土管ワープ装置」があった地下に足を運ぶ。
そこで、謎のタマゴを見つけたマリオブラザーズだが、突然、「土管ワープ装置」が作動する。

吸い込まれていくマリオブラザーズ達。

目を覚ますとそこは、夢の国「サブコン」であった…。