提督が誕生する6500万年以上前の昔、人類よりはるか以前に海を支配していた恐竜から進化した深海棲艦をは未知の宇宙線・ゲッター線により地底に追いやられ長い眠りについていた。
だが、鎮守府がゲッター線の研究の為に艦むす実験機を運用した影響で復活し、海を再び深海棲艦が支配する世界にするべくうーちゃんを改造したサイボーグ「メカうーちゃん改二」を投入して侵攻を開始したっぴょん……