地球とプラントの戦争終結後、しばらくしてキラとラクスが結婚
アスランやカガリ、ムゥなどが祝い、見守られるなか新婚旅行に出発
しかし、キラ達は新婚旅行中事故にあい2人とも死亡してしまう
それを知ったアスラン達は悲しみに暮れる

しかし実は2人とも生きていた
事故に見せかけて地球連合軍〈ブルーコスモスの後継者〉に誘拐されていた

2人は演算ユニットにイメージを伝えられる〈SEEDを持つ者〉であったため実験台にされ、
ラクスは演算ユニットに他の人間のイメージを伝える人型翻訳機にされてしまった
キラは旧ザフト軍に救出されるも実験の影響で五感が著しく低下してしまった

キラはラクスを奪い自分をこんな目に合わせた奴らに復讐するために旧ザフト軍協力の元、〈ライジングフリーダム〉を駆り復讐鬼となったのである