病気で亡き妻メアリーから「サイレントヒルで待っている」と手紙が来て、想い出の観光地へ向かう主人公
その先は宗教団体の半ばテロに近い儀式で化け物の蔓延る魔境と化していたが、主人公は関係ないと突き進む

サイレントヒルで妻に似たマリアという女性に会い、彼女と行動を共にすることになる
マリアもまたある目的で探索しているというが、彼女はその中で化け物に殺されてしまう

その後、何故か無事だったマリアと再会するも、再び彼女は主人公の前で命を落とす
やがて主人公はサイレントヒルの異常は「強い願いを原動力にしているため、そういった人間を呼び寄せる」、「人の想いや罪を歪めて具現化する力を持つ」と知る

主人公は病気で長くない妻を介護疲れから殺した過去から目を背けていたことに気付く
彼を狙う化け物は、主人公の自分を罰してほしいという気持ちが作ったものだった
そしてマリアは「元気だった頃の妻を模した人間」であり、主人公の罪を再現するために何度も目前で命を落とす

現実を受け止めた主人公を見て、化け物達は自ら命を絶つ
主人公は彼と添い遂げることを求めるマリアを拒絶し、化け物と化した彼女と決別する

その後、主人公は寝たきりのメアリーがいる不思議な空間へと訪れる
彼女は主人公に手紙を渡して息を引き取る
手紙には「私が死んだら、想い出の地のサイレントヒルに来てほしい。そこであなたを待っている」と書いてあり、それは明らかに主人公を勇気付けるための言葉であった
主人公は妻の亡骸を湖へと運び、入水自殺する