- シナリオの背景は、C.E.73年に起きた第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦の最中、突如現れた未知の敵「イノベイター」によって、地球連合軍とプラントの両陣営が壊滅的な打撃を受けるというものです。
- イノベイターは、遠い未来からやってきた人類の進化形態であり、自らを「刹那・F・セイエイ」と名乗る青年をリーダーとしています。彼らは、自分たちの理想とする世界を実現するために、過去の人類を抹殺しようと企んでいます。
- イノベイターは、高性能な機動兵器「ガンダム」を多数保有しており、その中でも最強のものが「00クアンタ」です。このガンダムは、量子力学的な現象を利用して空間を超えた移動や攻撃が可能であり、通常の兵器では対抗できません。
- 地球連合軍とプラントは、イノベイターに対抗するために一時的な休戦協定を結びます。そして、かつて存在した反地球連合組織「オーブ連合首長国」の残党や、「クライン派」と呼ばれるプラント内の反戦派などと協力して、イノベイターに立ち向かうことになります。
- その中でも、最も重要な役割を果たすのが、「キラ・ヤマト」と「アスラン・ザラ」という二人の少年です。彼らはかつて敵同士でありながらも友情を育んだ仲であり、それぞれ「フリーダムガンダム」と「ジャスティスガンダム」という強力な機動兵器を駆ります。
- キラとアスランは、イノベイターとの戦闘で刹那と対峙します。刹那は、キラとアスランが持つ特殊な遺伝子「SEED」に興味を示し、彼らを自分たちの仲間に引き入れようとします。しかし、キラとアスランは刹那の誘いを拒否し、彼と激しく戦います。
- その結果、キラとアスランは刹那に敗北しますが、その直後に現れた「ロックオン・ストラトス」という男性が刹那を撃退します。ロックオンは、「ソレスタルビーイング」という組織のメンバーであり、「ダブルオーガンダム」という刹那の機体と同型のガンダムを操ります。
- ロックオンは、キラとアスランに自分たちの目的を説明します。ソレスタルビーイングは、過去から未来へと続く歴史改変計画「プロジェクト・エクスカリバー」の一環として、イノベイターに対抗するために過去の世界に派遣された特殊部隊であり、刹那はその計画の裏切り者であるというのです。
- ロックオンは、キラとアスランに協力を求めます。キラとアスランは、ソレスタルビーイングの正体や目的に疑問を感じますが、イノベイターに対抗するためには彼らの力が必要だと判断し、仮面の協力関係を結びます。
- こうして、キラとアスラン、ロックオンを中心としたソレスタルビーイングのメンバー、地球連合軍とプラントの連合軍など、様々な勢力が入り乱れる中で、イノベイターとの最終決戦が始まります。果たして、キラたちは刹那の野望を阻止し、過去と未来の平和を守ることができるのでしょうか？