TVアニメ「ガンダムシード」の劇場版でTVアニメのその後を描いている。
人類は謎の勢力「ウルガル」の攻撃を受けるが、イズル、アサギ、ケイ、タマキ、スルガ、アンジュの「チームラビッツ」の活躍によりウルガルの撃退に成功。
しかしリーダーであるイズルは最後の戦闘時に重傷を負い昏睡状態となってしまう。
つかの間の平和を楽しむチームラビッツの面々ですが、新たなウルガルの出現によりチームラビッツは、イズルを欠いたまま出撃を余儀なくされる。
果たしてチームラビッツはどうなってしまうのか。