軽く試したけど主な恩恵は
・Ruby1.9.2から3.1.0にverup出来る
・解像度上限を撤廃出来る
・非アクティブ時も動作が停止しなくなる
・midi用SoundFontを指定する事でmidiの音源をゲーム側で変更出来る

主な注意点は
・mkxpがGPLを採用しているからGPL準拠でソース公開義務が発生する(あれっ? exe利用でも発生するよな?)
・RTPのパスを指定するのにレジストリを利用出来ない?からプレイヤのRTPを利用する場合に注意が必要
・一部サウンドフォントに対応していない?

要はWindows環境以外も視野に入れた改造exeで、その副産物で既存の制限が幾つか外れる
ただ普通にゲーム作る分にはあまり影響がない、のかな。処理負荷は軽くなってんのかな?