物語は、ピカチュウが住むポケットモンスターの世界と、ゴジラが住む地球の世界という2つの平行した世界を舞台に展開します。両世界は互いに意識することができず、深い関係がないことが一般的ですが、ある日突然、2つの世界が交差してしまい、ピカチュウとゴジラが出会うことになります。

最初はお互いに警戒しあっていたピカチュウとゴジラですが、彼らはやがてお互いに親しくなり、友情を育んでいきます。しかし、2つの世界が交差することによって、世界のバランスが崩れ、大災害が起こり始めます。

ピカチュウとゴジラは、自分たちが住む世界を守るために立ち上がり、手を取り合って協力します。ピカチュウは、電気タイプの攻撃で、ゴジラは炎を操る力で、それぞれの強みを発揮し、大災害を食い止めます。

最終的に、2つの世界が再び分かれるとき、ピカチュウとゴジラは涙を流しながら別れを告げます。しかし、彼らはいつか再会することを約束し、それぞれの世界で生きることを決めます。世界は平穏を取り戻し、ピカチュウとゴジラの友情の物語は、2つの世界に住む人々の心に残ります。